Андрей Лысенко родился в 1954 году в Москве. В 1979 году окончил Московскую государственную консерваторию имени П.И. Чайковского (класс профессора В.М. Снегирева). Работал в симфоническом оркестре Центрального телевидения и Всесоюзного радио (дирижер — М. Шостакович), симфоническом оркестре Министерства культуры СССР (дирижер — Г. Рождественский), Государственной симфонической капелле России (дирижер — В. Полянский), Симфоническом оркестре Москвы «Русская филармония» (дирижер — А. Ведерников), в Академическом симфоническом оркестре Московской филармонии (дирижер — Ю. Симонов).
С 2003 года — артист Национального филармонического оркестра России. В 2021 году удостоен почетного звания «Заслуженный артист Российской Федерации».